被告人吴广对起诉书指控其实施的行为无异议，但认为涉案结构式是否可以申请专利，不能仅从新颖性上判断；且专利保护的内容除化合物外，还包括化合物的合成路线及用途。
辩护人提出的辩护意见是：1、涉案化合物结构式虽属于研发成果，但不构成法律意义上的商业秘密密点。（1）公诉机关未查明涉案结构式是否具备非公知性。检索报告中有15个结构式存在异构体，21个结构式存在近似结构式，但相关专家并未就是否存在“无需付出一定的代价而容易获得”进行判断，其关于非公知性的鉴定意见缺乏基础。（2）化合物的用途信息具有价值性，但结构式本身不携带用途信息，故不具有价值性。（3）化合物的制备方法及具体用途信息具有实用性，而结构式本身并不直接携带制备方法及具体用途信息，因此不具有实用性。且上海药明康德公司承认其中9个化合物未合成成功，现有证据也不能证明他人可以合成成功，而很多化合物作为中间体使用，不具备成为先导化合物的可能性，故不具备实用性。2、公诉机关未查明吴广的行为给辉瑞公司造成的实际损失。（1）268万余元不是涉案结构式研究阶段的实际损失，而是结构式设计完成之后的化合物合成研究和用途研究成本。首先，只有为了验证新设计的结构式能否合成才属于结构式的研发，而辉瑞公司在订单中公示的合成目的中，Process Research属于化合物制备方法的研发目的，其余属于化合物用途的研发目的，均非结构式的研发目的。其次，中间体在化学反应过程中可能扮演半成品、催化剂、原料的角色，其合成费用属于化合物用途的研发成本，本案中28号、29号、75号、61号结构式对应的化合物均属于中间体，而部分化合物不可直接入药或药物零容忍，也只能作为中间体使用。再次，验证结构式能否合成仅需几毫克，本案化合物合成质量较多，只能是用于制备方法或用途方面的研究目的。最后，17个化合物的制备方法由上海药明康德公司提供，其合成目的可能属于化合物制备方法研究，其余72个由辉瑞公司提供制备方法，合成过程不可能包括制备方法和结构式的研究目的，相关费用均非结构式的研发费用。（2）268万余元对应的研发成果包括化合物的制备方法及化合物的用途研究，而公开结构式不会导致制备方法、用途信息的公开，对于该部分研发成果辉瑞公司仍可选择申请制备方法或化学产品用途的专利保护，其价值没有减损。（3）本案还应扣除一些化合物结构式的合成费，包括发票号不一致的58号结构式的合成费，已申请专利的28号、29号、75号结构式的合成费，不具有同一性的61号结构式的合成费，订单日在2011年3月11日后的结构式的合成费，公诉机关未查明是否实际支付的FTE费用，以及重复合成的费用。且56号结构式不具有同一性，虽未计算损失，但仍应认定吴广不侵权。3、辉瑞公司是本案唯一的被害单位，上海药明康德公司是加工承揽人，并非涉案结构式的被许可人，不是被害单位。4、公诉机关的多份证据存在重大程序瑕疵。（1）第一份检索报告由上海药明康德公司委托并付费，违反了《司法鉴定收费管理办法》，第二份检索报告的检材无证据证明由侦查机关合法取得。（2）上海市科技咨询服务中心（以下简称科技咨询中心）出具的鉴定意见不应作为定案依据。首先，人民法院鉴定人名册中的鉴定人是法院办案中委托的鉴定机构，而非公安机关在办案中委托的鉴定机构；其次，该中心及鉴定人均无法定资质；再次，该中心的业务范围并不包括司法鉴定，即使具有司法鉴定资质，也非可从事一切领域的司法鉴定业务；最后，该鉴定由上海药明康德公司委托并付费，违反了相关规定。（3）辩护人多次就审计报告附件中一封于2008年5月21日由辉瑞公司发出的电子邮件提出质疑，该邮件直接关系到部分结构式的合成费是否支付。5、如果法院认为吴广构成犯罪，涉案金额也不可能达到250万元，希望参考其系坦白、认罪态度好、并未从中获利、已深深悔罪等因素而从轻处罚。
