1、侵害的客体不同。生产、销售有毒、有害食品罪侵害的客体是复杂客体，包括国家对食品安全的监督管理制度和不特定多数人的健康权利和生命安全；玩忽职守罪侵犯的客体是国家机关的正常管理活动；重大责任事故罪侵犯的客体是工厂、矿山、林场、建筑企业或者其他企事业单位不特定多数人的生命、健康和重大公共财产的安全。
2、客观方面不同。生产、销售有毒、有害食品罪的客观方面主要表现为：行为人违反国家食品安全管理法规，在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或者销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品的行为，与食品生产经营活动分不开；玩忽职守罪一般体现为国家机关工作人员严重不负责任，不履行或不正确履行职责。这种职责主要是在行政管理方面的责任，不是属于具体生产中的指挥和管理，往往表现为不传达、不布置、不检查、不报告、不执行等，致使公共财产、国家和人民利益遭受到重大损失，其范围比较宽泛，可发生在行政管理的各个方面；重大责任事故罪客观方面则表现在生产作业过程中，不服管理、违反规章制度，或者强令工人违章冒险作业，因而发生重大伤亡事故或者造成其他严重后果的行为。
3、犯罪主体不同。生产、销售不符合卫生标准的食品罪的主体是一般主体，即凡是达到刑事责任年龄，具有刑事责任能力的自然人和单位均可构成本罪的主体；玩忽职守罪的犯罪主体是特殊主体，只能是国家机关工作人员，非国家机关工作人员不能构成该罪；重大责任事故罪的犯罪主体是特殊主体，即只能由工厂、矿山、林场、建筑业或者其他企业、事业单位直接从事生产作业活动的人员构成。
4、主观方面不同。生产、销售有毒、有害食品罪的主观方面表现为间接故意，即行为人明知是有毒、有害的非食品原料而故意掺入其所生产、销售的食品中，或明知是掺有有毒、有害的非食品原料的食品而故意予以销售；玩忽职守罪的主观方面主要由过失构成，在特定时候可由间接故意构成；重大责任事故罪的主观方面则只能由过失构成。
（五）生产、销售有毒、有害食品罪与生产、销售不符合卫生标准食品罪的界限
从广义而论，生产、销售有毒、有害食品罪与生产、销售不符合卫生标准食品罪的犯罪对象之间具有种属关系，是同种罪的分解。从逻辑结构上讲，有毒、有害的食品实际也就是不符合卫生标准的食品，在外延上是被包容与包容的关系、特殊与一般的关系，即“不符合卫生标准的食品”是属概念，有毒、有害的食品是种概念。生产、销售有毒、有害的食品，也就是生产、销售不符合卫生标准的食品。但生产、销售有毒、有害食品罪与生产、销售不符合卫生标准食品罪在以下方面有着明显的区别：
1、犯罪对象不同。生产、销售有毒、有害食品罪，其犯罪对象是有毒、有害食品，而且这些有毒、有害的非食品原料，是在食品生产过程中故意掺入的。生产销售不符合卫生标准的食品罪，其犯罪对象是不符合卫生标准的食品，一般是不含有毒、有害的食品原料。
2、客观行为表现不同。生产、销售有毒、有害食品罪客观方面表现为在生产、销售的食品中掺入有毒、有害的非食品原料或销售明知掺有有毒、有害的非食品原料的食品的行为，其在食品一扣加入的是根本就不能使用的非食品原料的物质；生产、销售不符合卫生标准的食品罪的客观方面主要表现为生产、销售不符合卫生标准的食品的行为，虽然其生产、销售的食品中所含原料有町能是有毒、有害的，但就其性质来说，仍然是食品的原料，只是该原料已腐烂变质或者被污染了。
3、对危害结果的要求不同。生产、销售有毒、有害食品罪是行为犯，行为人只要实施刑法第一百四十四条所规定的行为就构成犯罪，而不要求特定犯罪结果的发生；生产、销售不符合卫生标准的食品罪是危险犯，只有存在足以造成了严重食物中毒事故或者其他严重食源性疾患的才构成犯罪，即法律要求不仅要有生产、销售不符合卫生标准食品的行为，而且要求该行为足以造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾病的危险，或者对人体健康造成严重危害的后果。
