侵权造成的损失
事实上，不仅商业秘密是无形的，包括专利权、商标权、著作权等在内的知识产权都是无形的，合法权利人都可在追究侵害人法律责任的同时继续行使其权利。《最高人民法院、最高人民检察院关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第十二条中的“非法经营数额”，是指行为人在实施侵犯知识产权行为过程中，制造、储存、运输、销售侵权产品的价值。已销售的侵权产品的价值，按照实际销售的价格计算。制造、储存、运输和未销售的侵权产品的价值，按照标价或者已经查清的侵权产品的实际销售平均价格计算。
首先，商业秘密一旦被侵害就具有“不可逆”的特性。该特性决定非法获取商业秘密的行为必然会给权利人造成损失。如前所述，商业秘密系指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。“秘密性”即不为公众所知悉系商业秘密的重要特征，由于商业秘密的秘密性，保守商业秘密主要依靠事实行为，即尽可能严密的保密措施和尽可能小的传播范围。法律手段对于已经公开的商业秘密没有“回收”效力，因而商业秘密一旦公开、扩散，权利人受到的损失无可挽回。换言之，对商业秘密的侵害具有“不可逆性”，一旦公开就无法挽回。
其次，商业秘密具有一旦被侵害就“不可分离”的特性。该特性决定非法获取商业秘密的行为必然会给权利人造成损失。即使侵害人尚未公开商业秘密，侵害人非法获取商业秘密的行为本身也必将导致商业秘密受到损害，其原因在于侵害人掌握的权利人商业秘密往往已构成其自身知识、技能的一部分，并且在事实上无法采取任何措施将此种商业秘密与自身分离，亦无法完全与自身掌握的非秘密信息相分离。因此，只要侵害人获取了商业秘密，即使尚未公开，权利人亦无法使其商业秘密的秘密性完全回复原状，无法保证侵害人在将来不会使用其商业秘密。
再者，竞争优势是商业秘密的最根本体现。非法获取行为本身即严重损害了权利人的竞争优势。商业秘密的价值性是指商业秘密通过现在的或者将来的使用，能够给所有人带来现实的或潜在的经济利益。价值性最本质的体现是，所有人因掌握商业秘密而保持竞争优势。若侵害人系权利人之竞争对手，则即使侵害人尚未将商业秘密投入生产，其获取商业秘密就使其研发和技术水平前进了若干年，权利人的竞争优势因此相应损失了若干年，损失由此产生。
损失价值的计算
事实上，侵害人之所以实施非法行为获取他人商业秘密，其原因就在于该商业秘密具有较高的市场价值，侵害人能够从此获利，要求侵害人在掌握商业秘密后，时刻避免使用、披露其掌握的商业秘密，亦与其追求私利的人性相悖，难以实现。基于上述因素，假设权利人此后拟转让其商业秘密，则受让人势必考虑侵害人亦掌握商业秘密这一因素，从而影响交易达成及交易价格，权利人的商业秘密因此受到损害。
关于商业秘密损失的价值，我国有关法律及司法解释对于商业秘密被侵害的损失如何计算没有明确规定。笔者认为，可以参考民事法律确定侵犯商业秘密的损害赔偿额的方法。笔者将其归纳为：
