二是完善保密审理制度。保密审理，在我国主要指不公开审理，还包括案卷的封存、鉴定的保密、诉讼人员的保密等。目前，我国关于保密审理的规定主要见于《民事诉讼法》，该法第66条规定：证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据应当保密，需要在法庭出示的，不得在公开开庭时出示；第120条第2款规定：离婚案件，涉及商业秘密的案件，当事人申请不公开审理的，可以不公开审理。上述仅有的两条规范，提供了不公开审理的轮廓，但内容过于简单笼统不利于实务操作。另外，法律还应明确规定法院对案卷材料的封存保密义务，鉴定人员对知悉的商业秘密的保密义务，审判人员、书记员、当事人及其他诉讼参与人对知悉的商业秘密的保密义务等。
三是完善专业鉴定制度。对于涉及商业秘密案件，承办案件的法官也是隔行如隔山，为了查明案情，法官不得不委托专家进行鉴定，而目前我国多数法院大都是在各自所在区域范围内指定鉴定机构，由于受自身学识、能力和所处环境的限制，实践中往往出现不同鉴定机构得出不同甚至截然相反的结论，也由此而导致了同一案件出现各不相同的判决。为此，法律应强制规定，涉及商业秘密的案件，无论由哪级法院审理，都应委托全国性的行业机构来进行鉴定，以确保结论的科学性和权威性。
四是完善证据保全制度。《民事诉讼法》第74条规定：在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，诉讼参加人可以向人民法院申请保全证据，人民法院也可以主动采取保全措施。由此可以看出，现行法律规定证据保全应当在起诉之后进行，当然对商业秘密案件的证据保全也不例外。但现实情况是，在商业秘密侵权案件中，侵权人可轻而易举转移、隐匿甚至伪造相关资料，商业秘密权利人却举证艰难。为在诉讼前获得有利于自己的第一手资料，商业秘密权利人通常只能委托公证机关进行证据保全，但由于公证机关没有法院的强制力，实践中又使得证据保全的效果大打折扣。如果法院能在诉讼前采取保全措施，往往会使侵权人措手不及，对认定侵害，确定损失赔偿额大为有利，也能促进纠纷的顺利解决。因此，建议引入诉前证据保全制度。
