但是，这里不能忽视一个问题。如果被告主张，虽然借条仍然在原告处，但其已经偿还借款。笔者认为，被告的这种抗辩就会产生两个法律效果：一是等于被告承认了借贷关系确已发生，被告曾经收到过原告支付的借款，这也意味着原告可以不必再为借贷关系的成立负举证责任；二是被告对其已经偿还借款的抗辩主张，应当提供证据证明。
1．如果被告提供了证据，证明其确已还款，则原告负有举证证明借贷关系依然成立的责任，也就是说，原告要举证证明，被告还款并不是偿还所起诉的该笔借款；或者举证证明被告根本没有还过款；或者举证证明被告还款远远不够本息金额，等等。
2．如果被告仅抗辩主张其已经还款，但又提供不出其他证据证明，被告的主张因为缺乏证据证明，此时法官的内心确信往往会向原告倾斜。在这种情况下，一般可以认定双方之间借贷关系成立并生效，被告尚未还款。但是，人民法院还是应当注意要结合借贷金额、款项交付、当事人的经济能力、当地或者当事人的交易方式、交易习惯、当事人财产变动情况以及证人证言等事实和因素，综合判断查证民间借贷是否真实发生，防止虚假诉讼。
（二）被告抗辩借贷事实未发生的
作为出借人的原告只提供了借条而无其他证据，在此情况下，被告若抗辩借贷事实未发生，比如，未收到原告支付的款项；原告不同意出借款项，等等。对此，由于借条乃由被告所书写，那么作为被告的借款人应当向法庭说明，为何会在原告未提供借款的情况下仍然出具借据。如果被告的说明、抗辩或者反证足以对款项支付的真实性引起合理怀疑，则应当再由原告进行举证，以证明款款项已经支付给被告。
这是因为，借条仅仅是形成借贷合意的表征，但绝非是借贷行为已经发生和履行的天然最佳证明。《民事诉讼法解释》第90条规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。”就此而言，出借人仅提供了借贷凭证--借条，基本可以认定两个事实：一是双方之间达成了借贷合意；二是民间借贷合同成立并生效（自然人之间的除外，因为自然人之间是实践性合同）。但对于合同一方当事人是否按约履行了合同，要如，出借人是否提供了借款，应当由履行合同一方当事人举证证明。因此，出借人仅提供借条但未提供交付款项证据的，还应将举证责任分配给主张协议己实际履行的出借人，出借人应当就履行了“提供借款”的义务承担举证责任。只有如此，才能获得向被告主张返还借款的实体权利。
也有的认为，一般情况下，借款人给出借人出具借条，往往都是收到了款项之后才出具，如果没有收到所借的款项，借款人断然不会为出借人出具借条，这已经成为墨守成规的民间交易常识，或者说已经成为一种无可厚非的寻常习惯。然而，我们不能忽略的事实是，近年来全国各级各地法院受理的大量民间借贷案件中，借条产生的原因形形色色、五花八门：有的借条载明的借款本金中既包括借款又包括其他基础法律关系产生的债权；有的是为受托办理入学、工作等事项不成，将收取的委托办理事项费用转而写成借款；有的是因赌博欠债出具借条；有的是被逼迫威胁而写借条，事后又向公安报案或者干脆不报案；有的虽然出具了借条但实际上根本未得到借款；有的是因为感情的原因出具的欠条；有的已经偿还了借款但却忘记收回借条，等等。
