四、法条之间的适用顺序问题
在先权利如果是注册商标权，则适用《商标法》第28 条以及第41 条第3 款的规定。在先权利如果是申请中的商标， 其又可分成已经初步审定的申请， 以及尚未初步审定的申请，分别适用《商标法》第28 条、第29 条以及第41 条第3 款的规定。在先权利如果是驰名商标，不管是未注册驰名商标还是已注册驰名商标，都适用《商标法》第13 条以及第41 条第2 款规定。在先权利如果是地理标志，适用《商标法》第16 条以及第41 条第2 款规定。在先权利如果属于他人已经使用并且有一定影响的未注册商标，则适用《商标法》第31 条后半段的规定以及第41 条第2 款的规定。应该注意的是，《商标法》第31 条后半段要求注册人的行为构成以不正当手段抢先注册。如果注册人的行为不构成以不正当手段抢先注册，如何处理？ 如果认为对于已经使用并且有一定影响的未注册商标，应进一步提供保护，尚需要发展出具体的规则，但无论如何，这已经超越法条明显的文义，越出法律解释的界限，进入了造法的领域。
在先权利如果只是普通未注册商标，依较之于使用原则占优势的注册原则，26解释上即不得主张“在先权利”条款的适用。如果认为不必拘泥于注册原则，有必要更多地采纳使用原则，对普通未注册商标加以更多的保护，那么，尚需要发展出具体的规则，这也已经越出法律解释的界限，进入了造法的领域。
“在先权利条款可能与《商标法》第41 条第1 款之“以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册产生法条竞合。27这时请求人可以选择适用或主张均予以适用。
如果要说明《商标法》第31 条前半段以及第41 条第2 款与其他条文的关系可以归结为普通规定与特殊规定的关系遵守特别法优于普通法的规则。其它条文优先于《商标法》第31 条前半段以及《商标法》第41 条第2 款的适用。如此说来需要适用《商标法》第31 条前半段的在先权利主要是专利权、著作权、姓名权、肖像权、企业名称权等。
五、教义学归类
作为一个理论问题要提出该条规定的教义学归类才能真正解决困惑。
《商标法》第31 条前半段给人的初步印象是，这是一条指令申请人如何提出注册商标申请以及商标局如何进行商标注册事宜的规范。那样该条就是行政管理规范。这种印象会误导人们以为商标局在实务中应当审查所有可能的在先权利，并对损害在先权利的商标申请主动不予注册。当然这一行政管理性规范绝非无意义，依据第41 条第2 款其将导致注册商标权溯及无效的后果。这一后果不仅是行政管理性的更是民事的，因其涉及对于创设民事权利之否定。
在此基础上进一步将该条看作为可注册条件的规定是否有道理呢？由于损害在先权利并非必然导致商标注册无效。根据第41 条第2 款利害关系人不仅可以允许他人注册（只要他不提出撤销的申请），而且在商标注册经过五年之后该商标将变成不可争议的商标。此外更重要的是根据第41 条第2 款，《商标法》第31 条前半段与其说是规定可注册条件的条款，不如说是规定可撤销条件的条款，这从实务中商标局并不依《商标法》第31 条前半段之规定而主动不予注册可以得知这一点。所以将该条规范看成是可注册条件的规定也有不足之处。
对该条进行教义学归类必然要超越该条的行政管理性规范的表象。事实上第31 条前半段背后的侵权规范或者不正当竞争规范才是该条规范的实相。这样第31 条前半段可以理解成是类似物上请求权性质的规范。说其类似是因为此种请求权要借助行政机关之力才能行使。因为这种损害在先权利的注册行为本身就可以看成是一种侵入在先权利之权利范围的行为可以申请恢复原状，撤销该注册商标就是最好的恢复原状。此外注册商标预定是要使用的，而使用行为将构成对于在先权利的侵犯，因此申请撤销注册商标权就成了一种侵权的预防性措施。
