从上述分析可以看出，用专利法对计算机软件加以保护困难重重，所以有的学者把目光投向了商业秘密法。商业秘密是指不为公众所知悉，能为权利人带来经济利益，具有实用性并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。对于计算机软件来说，如其核心——源代码，是符合商业秘密所独具的非公开性、商业价值性和保密性三性的。而且适用商业秘密法保护计算机软件还具有以下二个优点：第一，商业秘密法没有关于保护期限的规定。因为商业秘密的专有权是靠保密来维持的。只要权利人能保密，则其专有权的保护期就能是无限的。因此，在不泄密的情况下，计算机软件权利人的利益能得到最大限度的保护。第二，以商业秘密保护计算机软件，商业秘密权利人比传统的知识产权（专利权、版权、商标权）多了两项权利：制止他人披露和制止他人获得有关信息。所以计算机软件权利人有权制止其他人未经许可而披露、获得或使用有关信息、技术。那么，用商业秘密法保护计算机软件是否十全十美了呢？不，这里仍有两个重大缺陷：首先，属于商业秘密的，必须是“并非通常从事有关信息工作之领域的人所普遍了解或容易获得的”未披露过的信息（具《与贸易有关的知识产权包括假冒商品贸易协议》第39条），但是由于“通常从事有关信息工作之领域的人”的地域性限止，可能导致某项在国外已不属于商业秘密的信息在国内仍然未被披露，如果据此保护该商业秘密在国内的权利，这对国内的相关业者显然不公平的。对计算机所含有的某些商业秘密来说，也是如此。其次，商业秘密法并未规定反向研究的禁止。反向研究又叫反向编译，是通过对一计算机软件进行反编译，得到该程序的源代码。前面已经说过计算机软件的源代码是一部软件的书写语言，是软件核心秘密，其对于软件开发者而言，是一种非常宝贵的技术资料。一般来说，计算机软件开发者不愿公开源代码，并采取了保密措施，因此不论软件是否公开，软件源代码都应该做为商业秘密受到保护。但是，大部分有关商业秘密所有人有权禁止和（或）获得损害赔偿的行为的立法都没有规定对反向研究的禁止。
综上，专利法和商业秘密法保护计算机软件虽然都有一定的优点，但它们仍旧存在着一系列有待各国立法乃至各国司法进一步研究、解决的问题，因此用它们保护计算机软件仍是不成熟的，固各国学者最终把注意力集中到了对计算机软件的专门立法保护。
四、计算机软件单独立法保护的必要性。
知识产权是人们对无形的智慧成果加以保护，对其所享有的专有权，它是将具有“社会公共财产”性质的信息纳入私权的范围，若不加注意就会出现保护过强，损害社会公共利益的情况，但若保护过弱，又达不到知识产权保护的本意。在现代社会中，由于存在着诸多对知识产权限制与反限制的选择，因此存在一定程序创作者、开发者、传播者、使用者行使权利中的对峙等现实，知识产权法作为以促进科学文化事业发展，保障开发者、所有者及其他主体利益、实现社会公平为价值目标的法律，如何能统筹兼顾，真正发挥作用，唯有坚持平衡协调各种可能相互冲突的因素。从这个意义上说，平衡是知识产权法的基本精神。但是，由于社会经济、技术、文化意识传统的多方面制约和影响，知识产权权利人和社会公共利益之间，绝对的平衡状态在现实中是不存在的。如何能在现行的法律模式中达到知识产权权利人与社会公共利益的最大化平衡，即平衡的最优化，是立法者主要考虑的问题，因此在论及版权法、专利法、商业秘密法保护计算机软件时，学者们虽都认识到它们之间的优缺点，但正是由于版权法、专利法、商业秘密法保护计算机软件都不能最大效率的平衡权利人与社会公共利益，固学者们都趋向于制订一部能最优平衡保护计算机软件的专门立法。
前文已经讲过计算机软件保护的客体主要为其表现方式和思想。尤其计算机软件的思想棗技术构思是计算机的核心。本文在谈到计算机软件思想时曾以源代码为其表现性的一种。源代码对计算机软件的开发十分重要，一项计算机软件的创新性往往是由所使用的源代码的创新性带来的。而且，使用同一源代码可以写出语句表达不同而功能相似的计算机软件。因此，软件行业强烈要求保护源代码方面的创造性成果是可以理解的。但版权法不保护作品的思想，作为作品的计算机软件所使用的源代码属于其技术构思，所以从我国的《计算机软件保护条例》第7条到美、日、韩等国家的版权法规都有不予保护的规定。显然，为了保护自己独自开发出来的新源代码的权利，开发者可以将其作为商业秘密采用保密的手段加以保护。但法律并不禁止对计算机软件的反向研究。因此以商业秘密保护计算机软件是不可靠的，相反在专利法方面，由于计算机技术水平的飞速发展，在美、日等国出现了大量利用他人创造的源代码开发出功能相似，但并不侵害他人计算机软件版权的计算机软件，因此，美、日等国已逐步调整了对计算机软件的专利审查基准，把计算机软件本身的专利问题同计算机软件设计技术的专利问题区别对待，把源代码本身同利用源代码解决的技术问题区别对待，大大放宽了相关限制。最近十多年，在美、日都各有数百项有关计算机软件的发明获得专利权，其中包括不少同源代码有关的发明。
