但计算机软件到底不同于一般文学艺术作品，其具有一般文学艺术作品不具备的属性：作品——工具两重性。说它是作品，是指计算机软件可以借助于文字、数字、符号等表现出来，并能用磁带、磁盘、光盘、纸张等媒体加以固定；说它是工具，是指计算机软件一般都具有功能性，都是为了解决一定问题或达到一定目的。且它都是通过控制计算机硬件，实现一定的逻辑运算过程，来达到预期的效果。
由于计算机软件具有不同于一般文字艺术作品的特殊性，用版权法保护计算机软件的严重缺陷日益暴露出来：1．版权法只保护计算机软件的表现方式而不保护其思想内容。但计算机软件中最重要的就是其思想。软件的构思技巧和技术方案是一部计算机软件成功的关键，也是其最有价值的部分，权利人希望对这些构思技巧和技术方案享有较长时间的专有权。可是版权法不保护思想，使其他开发者能轻易的使用这些“思想概念”开发出表现方式不同的软件，这对原软件权利人是极不公平的。2．版权法中没有关于禁止使用的规定。计算机软件的价值在于其使用性，而版权法规定为个人学习、研究和欣赏，使用他人已经发表的作品为合法，这是有悖于软件性质的。由于软件具有易复制性，其在私人之间的传递使用，必然造成计算机软件市场销售份额的减少，从而损害软件权利人的经济利益。因此，即使是为个人的学习、研究而复制使用软件，也应认定为不合理使用。3．计算机软件侵权认定困难。由于版权法所保护的计算机软件表现方式与不保护的思想之间很难划出一条明显的分界，所以使得侵权行为难以认定，纠纷难以解决。虽然在国际上有的学者提出实质性相似加接触来认定计算机软件的侵权，但是由于该标准主观性太强，于侵权认定并无多大帮助。
鉴于版权法保护计算机软件存在着上述严重的弊端，许多学者开始考虑其它方法来保护计算机软件。专利法、商业秘密法就是这些学者考虑的方法之一。
三、专利法、商业秘密法的保护计算机软件的利与弊。
用专利法保护计算机软件，相对于版权法保护有以下三个比较明显的优点：第一专利法保护计算机软件创造性方法，及计算机软件所特有的源代码。源代码也称源程序，是计算机软件开发者创造的一种特有的书写计算机程序的语言，只要掌握源代码则可对软件开发者的现有软件进行任意的修改，使之成为另一个表现形式不同的软件。由于版权法保护表现方式不同的作品，则非法取得软件开发者源代码而较轻易改编成的其他软件很可能受到版权法的保护，这对软件的开发者是很不公平的，但专利法保护，软件开发者创作的源代码，则非法改编成的计算机软件是不受保护的，故在这一点上，专利法保护计算机软件优于版权法的保护。第二专利法对计算机软件的保护程度高。专利保护具有强烈的独占性、垄断性，一旦计算机软件被授予专利权后，其他相同或相似的软件就再也不能取得专利权。这对强调保护所谓计算机软件思想即软件构思技巧、技术方法的计算机软件开发者是十分重要的。如果其他计算机软件开发者再开发与已取得专利权的软件表现方式或思想相同或相似的计算机软件将被认定为侵权。第三专利权保护计算机软件的期限比较合理。专利法对发明的保护期限为20年，明显低于版权法的国际通例——作者有生之日加死后50年（《伯尼公约》）或25年（《世界版权公约》），这比较接近计算机软件的实际经济寿命，且有利于推动科学的进步。但是专利法保护计算机软件仍然有一系列无法克服的弊端，这些弊端在实践中体现的特别明显：1．专利的公开性有悖于软件开发者的意愿。依专利法规定，在受理一项专利申请后，必须将该申请的相关文件向公众公开，其中必然包括计算机软件专利申请人所提供的软件思想与表现方式，这正是大部分软件开发者所不愿意做的。2．取得专利权所应有的“三性”大多数软件并不具备。专利权的取得必须是申请的发明同时具备新颖性、创造性与实用性三大条件，但只有极少数的计算机软件能同时具备这些条件，而且专利的三性审查一般是通过专家的评估与检验，计算机软件的三性往往无法被实际测出，这又降低了计算机软件取得专利权的可能。3．专利权取得的法律手续相对繁琐。申请专利需要续行一系列的法律手续，在专利被批准前，须经过十八个月到三年的审查期限，这与计算机软件高开发、高淘汰的客观情况极不适应。
