2、要划清犯罪与正当行为的界限。正当行为主要有以下几种依据转让合同取得商业秘密的行为；依据雇佣关系知晓商业秘密依据业务关系掌握商业秘密；独立开发、研制出与商业秘密相同的技术信息等行为。这些行为都受到法律保护，不同于《刑法》规定的侵害商业秘密行为。
3、要划清犯罪与一般违法行为的界限。侵犯商业秘密罪属于结果犯，即行为人实施的侵权行为必须给商业秘密的权利人在客观上造成了法律规定的结果，即“给商业秘密的权利人造成重大损失”，或者“造成特别严重的后果”。如果侵犯商业秘密的行为尚未给权利人造成损失或者损失较小，则不构成犯罪，而应按一般违法行为处理，给予行为人行政制裁或让其承担民事责任。
（二）侵犯商业秘密罪与盗窃罪的界限
盗窃是不法获取商业秘密的重要行为之一。很多不法分子为了获取商业秘密最直接的手段就是盗窃。由于我国在新刑法出台之前曾比照盗窃罪的规定对侵犯商业秘密的行为进行处罚，所以，划清盗窃罪与侵犯商业秘密罪的界限十分重要。根据《刑法》第二百六十四条规定，盗窃罪是指以非法占有为目的，秘密窃取公私财物，数额较大或者多次盗窃的行为。侵犯商业秘密罪与盗窃罪主要在以下几方面存在不同：
1、犯罪客体不同。侵犯商业秘密罪侵犯的客体是社会主义市场经济秩序、知识产权管理制度和权利人对商业秘密的合法权益；而盗窃罪侵犯的客体是公私财产的所有权。
2、犯罪对象及其被侵害性状不同。侵犯商业秘密的犯罪对象是商业秘密，是一种无形资产；而且行为人侵犯商业秘密后，并未实现对该商业秘密的独占，该商业秘密此时由犯罪行为人与权利人共同占有。而盗窃罪的对象则是公私财物，其犯罪对象种类广泛；且被侵犯后，权利人就失去了对其的控制，而为犯罪行为独占。这里所说的“公私财物”，是有形财产，必须是人们能够控制或者占有的具有一定经济价值的物品或表示财物的所有权凭证，例如，行为人实施盗窃载有商业秘密的图纸，其犯罪对象并不是已经失去使用价值、一文不值的图纸，而是图纸上载有的技术信息或经营信息，所以在这种情况下，应当认定构成侵犯商业秘密的行为。
3、行为方式不同。侵犯商业秘密罪的行为方式不但有秘密窃取，即盗窃手段，还有胁迫、利诱、披露、使用或者允许他人使用等行为手段，而且不论商业秘密载体本身的价值，也不论盗窃行为的次数；而盗窃罪的行为方式则是单一的，只能是窃取数额较大的公私财物或者多次盗窃公私财物的行为。
4、犯罪主体不同。侵犯商业秘密罪的犯罪主体既可以是自然人，也可以是单位；而盗窃罪只能由自然人实施。
5、主观方面不同。侵犯商业秘密罪的主观方面是故意或者是过失；而盗窃罪主观方面出自直接故意，并具有非法占有公私财物的目的。
（三）侵犯商业秘密罪与泄露国家秘密罪的界限
根据《刑法》第三百九十八条的规定，泄露国家秘密罪是指国家机关工作人员或者非国家机关工作人员违反保守国家秘密法，故意使国家秘密泄露，被不应知悉者知悉，或者故意使国家秘密超出了限定的接触范围，情节严重的行为。两罪具有某些相似之处，但其区别也比较明显，主要表现在：
l、犯罪客体不同。侵犯商业秘密罪侵犯的客体是社会主义市场经济秩序、知识产权管理制度和以及权利人对商业秘密的合法权益；泄露国家秘密罪侵犯的客体是国家的保密制度。
2、犯罪对象不同。侵犯商业秘密罪的犯罪对象是商业秘密，即不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益、具有实用性并经权利人采取保密措施保密的技术信息和经营信息；而泄露国家秘密罪的犯罪对象是国家秘密。国家秘密是指关系到国家的安全和利益，涉及国家政治、军事、外交、国民经济、社会发展、国家安全和刑事司法等重大领域，依照法定程序确定，在一定时间内，一定范围的人员知悉的秘密。
