需注意的是，本金数额的数额认定及利息的提前扣除，应根据民事诉讼举证证明责任予以事实认定。
本条司法解释确立了借据、收据、借条等债权凭证对于本金认定的初步证据效力。但一方面囿于我国尚未有大额现金支付强制银行转账的规定，另一方面基于整个社会征信体系的有待提高，另外基于资本的逐利性，债权凭证上载明的出借金额往往与借款人实际收到的本金数额不一致。且目前出借人提前扣除利息的做法一般比较隐蔽，出借人与借款人之间往往进行定期结算，签订结算协议、还款协议等书面文件，或者以更换借条、欠条、收据等债权凭证方式导致债权凭证载明出借本金数额并非借款人实际收到的本金数额。一旦出借人要求以借条等债权凭证为依据要求还款，借款人往往以借条等债权凭证包含隐形高息、提前扣除利息、实际本金数额与载明本金数额不一致等抗辩，法院很难查证出借本金的实际数额。在此情形下，应初步判断出借人主张的借款事实是否具有不可排除的合理怀疑，在存在合理怀疑时，应要求出借人进一步举证。对于本金实际数额的法律事实认定，应该以《民事诉讼法》及《民事诉讼法司法解释》为依据，合理分配举证证明责任。
《民事诉讼法司法解释》第90条明确当事人在民事诉讼中负有提供证据的行为意义的责任，只要当事人在民事诉讼中提出于己有利的事实主张的．就应当提供证据；当事人提供证据的行为意义的举证责任，应当围绕其诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实进行；当事人在诉讼中提供证据，应当达到证明待证事实的程度，如果不能使事实得到证明，则当事人应当承担相应的不利后果。《民事诉讼法司法解释》第91条规定了举证责任分配的一般规则，民间借贷案件亦应据此在对民事实体法规范进行类别分析的基础上，识别权利发生规范、权利消灭规范、权利限制规范和妨碍规范。《民事诉讼法司法解释》第108条对于举证证明标准作出规定，对负有举证证明责任的当事人提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，确信待证事实存在具有高度盖然性的，应当认定该事实存在。对一方当事人为反驳负有举证证明责任的当事人所主张事实而提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，认为待证事实真伪不明的，应当认定该事实不存在：
依据上述证据规则法理，出借人基于民间借贷法律关系要求借款人按照借条、收据、欠条等债权凭证载明本金数额归还借款的，首先应当举证证明双方当事人已达成借贷合意的事实，以及按照债权凭证载明数额已经实写交付的证据，如汇款凭证、银行转账记录等。如不存在疑点事实，可以认定出借人完成了自己的举证责任。借款人主张利息已经提前扣除的，应对该事实承担举证责任。如果出借人未举证证明其已按照债权凭证载明数额实际支付款项，借款人抗辩主张利息已经提前扣除的，且出借人主张的借款本金数额存在不可排除的合理怀疑的，比如债权凭证载明的大部分款项通过银行转账而其余部分款项以现金交付且无其他证据印证的，人民法院应该要求出借人补强证据，以排除合理怀疑。如果出借人不能证明与债权凭证载明数额的差额以现金交付事实的，应对该部分诉讼请求不予支持。
另外，对于民间借贷案件中本金是否扣除利息的事实认定比较复杂。要根据《民事诉讼法》之规定，从本证和反证角度相互比较，确立高度盖然性原则。本证是诉讼证明过程中，对待证事实负有举证责任的当事人所进行证明活动，比如出借人主张债权凭证载明金额即为实际出借本金数额，并提供银行转账记录、收据等证据，反证即为不负有举证责任的当事人提供证据对本证进行反驳的证明活动，出借人提供证人证言证明利息已经提前扣除、实际收到借款数额与债权凭证载明金额并非一致。本证证明活动目的在于使法官对于待证事实的存在与否形成内心确信，这种内心确信应当满足证明评价的最低要求即法定的证明标准，而反证的证明活动，目的在于动摇法官对于本证所形成的内心确信，使其达不到证明评价的最低要求。对于反证而言，其证明程度要求比本证要低，只需使待证事实限于真伪不明即可。
