1、专利使用费纠纷，即发明专利申请公布后，专利授权前使用他人的专利技术，专利权授予后，专利权人要求其支付合理使用费而产生的纠纷。
2、专利奖励费纠纷，专利的发明人或设计人与所在单位就其应得的奖励及报酬所产生的纠纷。
3、专利申请权纠纷，主要涉及谁有权申请专利，以及是否共同享有专利申请权的纠纷。专利申请权纠纷会影响到专利的审查程序，国务院专利行政部门在接到有关专利申请权纠纷的通知后，通常会按规定暂时中止审批，待专利申请权纠纷结案后再恢复审批程序。
4、专利权归属纠纷，专利权归属纠纷是在专利申请已授权之后产生的权属纠纷。如果管理专利工作的部门生效的调处改变了专利权的归属，可凭生效的调处决定到国务院专利行政主管部门办理专利权人变更手续。
5、专利合同纠纷，专利合同纠纷通常包括三个方面，一是专利权转让纠纷，二是专利技术入股或专利技术合作开发实施纠纷，三是专利许可贸易纠纷。
6、专利侵权纠纷，侵权纠纷是专利纠纷中最常见、最重要的纠纷，侵权纠纷包括生产性侵权、销售性侵权及使用性侵权纠纷等。
知识链接：专利纠纷调解的程序
一、申请专利纠纷调解的条件
1、要求请求人是与专利纠纷有直接利害关系的单位或者个人；
2、要有明确的被请求人和具体的请求事项、事实、理由；
3、当事人任何一方均未向人民法院起诉或者无仲裁约定；
4、属于管理专利工作的部门管理范围和受理事项；
5、在专利调处的两年有效期内。
二、调查、封存或暂扣有关证据与物品
管理专利工作的部门受理专利纠纷案件后，有权主动进行现场勘验检查，封存或暂扣与涉嫌侵权行为有关的档案、图纸、资料、账册等原始凭证。也可以根据请求人的申请，封存或暂扣与案件有关的货物、材料、专用工具等物品。请求人申请采取封存或暂扣措施的，必须提供担保。被请求人提出反担保时，经管理专利工作的部门审查同意，可解除封存或者归还暂扣物品。
三、调解并作出处理决定
管理专利工作的部门处理专利纠纷可进行调解，调解不成则应在规定的期限内作出处理决定。处理决定的内容包括停止侵权行为、销毁侵权工具 及侵权产品等。当事人对处理决定不服的，应在收到通知之日起十五日内向人民法院提起诉讼。未起诉又不执行处理决定的，管理专利工作的部门可以请求人民法院强制执行。
