商业秘密保护与竞业限制义务体现了劳动者自由择业权与企业知识产权之间的冲突。
一方面，劳动者享有自由择业的权利，员工在受雇于企业期间所掌握的知识、经验、技能是其工作积累的结果，也是员工今后继续被聘用的重要前提。另一方面，员工离职后利用其在原单位工作期间所掌握的经营信息和技术信息开办企业或者到有竞争关系的企业任职，从事与原单位义务相竞争的业务活动，违反竟业禁止协议。目前相关法律没有对用人单位的权利与员工的自由择业权进行合理划分，竞业限制尤其是离职后的竞业限制直接制约了员工自由择业的权利，在竞业限制合同中，用人单位往往会滥用其在市场上的优势地位，最大地维护自己的利益而对员工的再就业权利进行过分的限制。
因此，应当在维护商业秘密所有人利益和员工依宪法、劳动法等享有自由择业权之间取得利益的制衡。实践中针对《劳动合同法》未规定补偿金最低标准和违约金最高数额的问题。原则上企业与员工应当接受合同中关于竞业限制补偿及违约金标准的拘束，尊重当事人意思自治。
但是，对于违背真实意思表示，特别是优势一方采取过高违约金或过低补偿金的方式损害他人合法权益的情况，司法审查应及时介入审查，主动对此类显失公平的合同条款进行干预。
