在我国法律体系中存在着法定竞业限制和约定竞业限制的区别，在民商事体系中商业秘密分别在不正当竞争法律关系和劳动法律关系中。当竞业限制和商业秘密重叠的时候，如何利用竞业限制更好的保护商业秘密呢?
首先，需要搞清楚的是竞业限制和商业秘密在法律关系中的作用是什么。 竞业限制是指特定的人因为约定或者法定的理由在特定的营业中具有相关的禁止义务。例如：用人单位和员工约定在员工离职后不得在两年内不得在竞争的企业内从事相同的工作，而企业应当给予劳动者一定的补偿;公司的高级管理人员不得利用职务便利为自己或者为他人谋取属于公司的商业机会，自营或者为他人经营所任职公司同类的业务。商业秘密是指被权利人采取保密手段，且对权利人具有经济价值的无形或者有形的资产。
其次，需要搞清楚谁能够签订商业秘密协议，谁能够签订竞业限制协议。在法定的竞业限制中商业秘密的保密人和法定竞业的主体完全一致，即使不约定保密协议或者保密条款，法定竞业限制的主体也必须保守他们所接触到的商业秘密，直到商业秘密因为被公开而丧失其保密性或者因其他原因而丧失了商业性。约定竞业限制的主体和保密协议的主体存在一定的区别，依据《劳动合同法》相关规定，竞业限制的人员仅限于高级管理人员、高级技术人员和负有保密义务的人，也就是说立法者为了限制用人单位滥用竞业限制，保障劳动者的有序流动，保障劳动者自由职业，限制了能够签订竞业限制协议的主体。实践中，很多用人单位不管三七二十一给所有的劳动者签订了竞业限制协议，在仲裁中很多都会被认定未无效。实践中，也有为了给员工签订竞业限制协议，故意和无法接触到商业秘密的员工签订保密协议使员工成为负有保密义务的人，而法院或者仲裁在审判中一旦认定员工所负有的保密义务根本就不属于商业秘密，最后依旧会认定竞业限制协议无效。
最后，在劳动服务期内支付竞业限制补偿，在员工离职以后要求员工遵守竞业限制义务的约定是否有效呢?依据《劳动合同法》第二十三条的规定，这样的约定应该属于无效规定，至少在法律中是存在瑕疵的。比如用人单位和员工之间约定了两年的竞业限制，实际上该员工之工作了6个月，只拿了6个月的竞业补偿，那么员工是否要遵守2年的竞业限制协议呢?如果员工约定了2年的竞业限制期，而实际上该员工在该单位工作了十年，只有在最初的两年领取了竞业限制补偿，后面八年都没有领取，那么员工在离职以后是否还需要遵守2年的竞业限制协议呢?因此《劳动合同法》规定竞业限制补偿应当在劳动合同终止后的竞业限制期内支付。但是需要注意的是上海法院在司法实践中对该问题有了实质性的突破，上海市第一中级人民法院在(2011)沪一中民三(民)终字第2350号的判决中认为，：“刘某在职期间曾担任B公司销售组长一职;并曾与B公司先后签署过两份载有竞业限制内容的协议;在职期间也收悉B公司以“竞业补贴”名义发放的款项并在工资单上对工资构成签名予以认可(暂且不论“竞业补贴”在职期间予以发放有无法律上的瑕疵)，可以认定刘某对其负有约定之竞业限制义务已充分认知。另外，除市场公开的客户信息，刘某担任销售组长，亦可能接触到并不公开的且具有商业价值的其他信息，例如客户的项目偏好、消费能力等。故刘某可归入劳动合同法规定的其他负有保密义务的人员，应当诚信履行己方的竞业限制义务。另B公司将竞业限制补偿与其他款项一并发放亦属通常的可被理解的财务操作，是否存在瑕疵并不影响相关款项的性质，如刘某认为B公司发放行为造成其利益受损，可另觅救济途径。”通过以上判决可见，在劳动者对竞业限制义务已经充分认知以及劳动者接触到了实质意义的商业秘密的情况下，即使存在不符合支付竞业补偿金程序上瑕疵的情况下，劳动者依然要遵守竞业限制义务。
