特许经营实践中最常用的商业秘密保密措施就是在特许经营合同中订立商业秘密保密条款，使被特许人及其员工承担起商业秘密保护的义务。
保密条款的大致内容为：
许可使用商业秘密的范围；
除非商业秘密已合法地变为公知信息，被特许人在整个特许期间以及特许结束后的一定期间不得使用商业秘密；
被特许人在特许期间以及特许期间结束之后均不得向第三人披露商业秘密；
被特许人必须要求其雇员承担相同的保密义务；
被特许人有义务向特许人回授在特许权实施中获取的任何经验。并许可特许人或者其他被特许人对所生的技术秘密享有非独占的使用权。
在特许经营中特许人的商业秘密因特许受到侵害的，特许人可依照《合同法》，追究被特许人及其员工的法律责任。在合同期内有关义务人违反合同约定的，特许人可依合同法追究其违约责任。因故被特许人未与特许人签订特许经营合同，但通过特许人的信息披露而知悉特许人商业秘密的有关人员，应当承担保密义务。特许经营结束之后的特定期间，被特许人及其员工负有竞业禁止的义务，违反该义务使用特许人商业秘密从事商业活动的，特许人可追究其违反后合同义务的法律责任。
