第二，《反不正当竞争法》没有说明侵犯商业秘密性质是侵犯他人的物权，还是为确保经营者公平竞争而对其行为的规范。在英联邦或前英联邦地区（除香港），保护商业秘密均被视为是保护权利人在衡平法上的权利而不是其物权，目的为促进公平和善意的商业活动而非保护物权。在中国，人们常将商业秘密与知识产权相提并论，似乎倾向于把商业秘密视为物权。如果商业秘密被肯定为物权，那么在民法中保护物权的条款以至法律补救均适用，反之，如果商业秘密只是特别法中受保护的客体，权利人的保障就只局限于特别法中指定的范围。
上述两方面的不完善带出一个重要问题，就是善意第三人能否取得继续保存、使用商业秘密的权利。我国学者持几种观点：一是善意第三人可继续保存但不可使用，因为保存不是《反不正当竞争法》明令禁止的主动行为；二是将商业秘密视为物权，直接将物权上的善意取得制度适用在商业秘密保护上，即是如果善意第三人已为取得商业秘密付出了代价，权利人对善意第三人不得索偿也不得限制他使用；三是在承认善意权利人的基础上，对其权力范围进行合理的限制，比如善意第三人只允许在交易时所约定的权限和时间内使用，不得向其他人披露；四是基本上否定善意第三人的权利，虽允许他继续使用，但须向权利人支付合理的使用费并承担保密义务[5]。笔者认为，除非修订《反不正当竞争法》来明确善意第三人的权利，尤其在我国物权法还未出台前，无法预测法院将采取上述那一种观点。
障碍四 --- 证明第三人明知或应知商业秘密侵犯行为
认定第三人是否进行侵犯他人商业秘密的行为，《反不正当竞争法》要求“第三人明知或者应知前款所列违法行为”。这里说的“前款所列违法行为”指经营者以《反不正当竞争法》中注明的盗窃、胁迫、违反合同保密义务等不正当手段侵犯他人的商业秘密。第三人明知或应知该等违法行为，即指第三人明知或应知商业秘密来自商业秘密侵权行为。
“明知”一般被理解为第三人是否在主观上知道商业秘密来自商业秘密侵权行为，但是要证明第三人明知却绝不容易，除非他曾公开承认或在他保存的物品、档案中可找到直接证据。由于这方面举证的难度，权利人往往倾向放弃证明第三人“明知”，而着力证明第三人“应知” 商业秘密来自侵权行为。
《反不正当竞争法》本身没有说明决定第三人是否“应知”的标准，但参考我国法院判决和英美法系国家的经验，应采纳客观且合乎常接触到同类讯息资料人士或从事相关行业人士正常认知的标准。具体说，要证明第三人侵犯商业秘密，权利人应无须证明第三人清楚知道商业秘密的来源，且该来源是通过侵犯他人商业秘密的行为，权利人只须证明第三人在客观的情况下有理由知悉商业秘密来自侵犯他人商业秘密的行为。
在德国，在要求商业秘密权利人采取适当保密措施的基础上，还要求权利人合理地向外表明其有意将商业秘密保密。虽然我国的《反不正当竞争法》没有同类要求，但如果权利人能证明他已自愿向外表明其视某些指定的讯息资料为其商业秘密，并表明他已采取适当措施加以保密，相信这有助于证明第三人明知或应知商业秘密来自某人的侵权行为。
另外，权利人与第三人的关系有时候也可以成为证明第三人是否明知或应知商业秘密来自某人的侵权行为的佐证。商业秘密不是有形资产，往往也不是可以通过登记来证明权属的版权作品或专利品。雇主通常不难证明员工知悉商业秘密乃是雇主所拥有。至于第三人，如果能证明权利人与第三人存在密切关系（例如合作已久的服务供应商和客户），或者特殊关系（例如第三人是熟悉商业秘密权利人业务的商业竞争者），也许可以间接证明第三人是否明知或应知商业秘密来自他人的侵权行为。可是，如果商业秘密可通过合法或公开渠道取得，尽管权利人与第三人存在某种关系，权利人也不容易证明和辨别某些讯息资料是否属于他的商业秘密，也不好证明第三人是否明知或应知商业秘密权属这事实和商业秘密已被他人侵犯。
